按照功能，干細胞可分為全能干細胞和多能干細胞、專能干細胞。像受精卵就是最高層次的胚胎干細胞，是全能干細胞。

多能干細胞，是一種或幾種組織的起源細胞，它能分化出多種類型的細胞，但它不可能分化出足以構(gòu)成完整個體的所有細胞。譬如造血干細胞，它能分化成紅細胞、白細胞和血小板等12種血細胞。

專能干細胞來源于多能干細胞，具有向特定細胞系分化的能力，也稱為祖細胞。它只能分化成某一種專門的細胞，譬如紅細胞。